La préparation des échantillons est généralement la première étape de presque tous les travaux sur les protéines. La qualité d’une telle préparation est essentielle à la réussite de l’analyse des protéines. La qualité de l’échantillon de protéines dicte la qualité des résultats expérimentaux. Il existe une demande croissante de préparations protéiques de petite qualité et à grande échelle à des fins analytiques. Comme l’analyse des protéines est devenue de plus en plus complexe, la demande de techniques de préparation d’échantillons adéquates a également augmenté. La préparation d’échantillons de protéines est de plus en plus critique pour les personnes qui travaillent sur la protéomique, la génomique fonctionnelle, les études cliniques, l’expression différentielle, le trafic de protéines et les études structurales et fonctionnelles des protéines. Les préparations d’échantillons de protéines les plus couramment utilisées comprennent, mais sans s’y limiter, l’extraction totale des protéines des cellules ou des tissus en culture, l’isolement / purification des protéines de la membrane plasmique et les fractionnements cellulaires. Traditionnellement, la préparation des échantillons de protéines est réalisée par une variété de techniques dites à base de solutions. Une ou plusieurs solutions de lyse cellulaire couplées à une centrifugeuse représentent un format majeur de méthodes d’extraction de protéines basées sur des solutions. Un exemple typique de préparation d’échantillons de protéines à base de solution utilise le tampon RIPA pour l’extraction totale des protéines. Cette méthode extrait les protéines des échantillons à l’aide d’un tampon d’extraction relativement doux. La procédure dure environ 20 à 30 minutes. Ces dernières années, une technologie basée sur une colonne de rotation est apparue comme une alternative pour l’extraction basée sur une solution. Cette technologie de nouvelle génération associe les méthodes traditionnelles à une colonne de centrifugation spécialement conçue pour une extraction rapide et efficace des protéines. La protéine totale peut être extraite des cellules ou des tissus cultivés en aussi peu que 1 min avec un rendement élevé en protéines et un profil protéique complet sans aucun biais. Par rapport aux méthodes traditionnelles, la technologie basée sur les colonnes tournantes représente une percée technologique et rivalisera favorablement avec les méthodes traditionnelles en termes de facilité d’utilisation, de vitesse et de performances. Cette nouvelle technologie a le potentiel de remplacer le tampon RIPA pour les préparations d’échantillons de protéines.
Basé sur une colonne de spin par rapport à une solution
| RIPA | Sonication | Spin-Column Based | |
| Temps de traitement (min) | 25-60 | 15-25 | 1-5 |
| Taille d’échantillon minimale (ul) | 50 | 200 | 20 |
| Ligne de base endogène | Non | Oui / Non | Oui |
| Profil protéique complet | Non | Oui / Non | Oui |
| Concentration finale | Moyenne | Moyenne | Élevée |
| Répétabilité | Mauvais | Bon | Excellent |
| Facilité d’utilisation | Passable | Médiocre | Excellent |