L’organisation de l’université a été modifiée par le décret exécutif n° 98 – 253 du 17 Août 1998, elle est composée actuellement de 07 facultés conformément au décret exécutif n° 98 – 387 du 02 Décembre 1998.
Cette nouvelle organisation devait être opérationnelle dès la rentrée universitaire 1999/2000. Des impératifs de cohérence, d’homogénéité et de nouvelles visions de décentralisation ont imposé une nouvelle organisation qui a retardé l’entrée en vigueur de ces nouvelles dispositions. L’année universitaire 2000/2001 sera certainement une année charnière pour le devenir organisationnel de l’université. La seule faculté opérationnelle avec autonomie de gestion est celle de médecine (organisation héritée de l’ancien INES/SM l’Institut des Sciences Médicales).
Nous mettons à votre disposition les informations disponibles et qui nous ont été communiqués par les différentes instances qui ont bien voulu coopérer dans l’élaboration de ce site internet.
| Facultés | Départements | Sites |
| FACULTÉ DES SCIENCES | Biochimie, Biologie, Chimie, Informatique, Mathématiques, Physique, Sciences de la mer | SIDI AMAR |
| FACULTÉ DES SCIENCES DE L’INGÉNIEUR | Architecture, Électromécanique, Électronique, Électrotechnique, Génie civil, Génie des matériaux, Génie des procédés, Génie mécanique | SIDI AMAR |
| FACULTÉ DE MÉDECINE | Chirurgie dentaire, Médecine, Pharmacie | ANNABA |
| FACULTÉ DE DROIT | Droit privé, Droit public, Sciences politiques | ANNABA |
| FACULTÉ DES SCIENCES ÉCONOMIQUES ET SCIENCES DE GESTION | Sciences économiques, Sciences de gestion, Sciences de la communication, Sciences financières. | SIDI ACHOUR |
| FACULTÉ DES LETTRES DES SCIENCES HUMAINES ET DES SCIENCES SOCIALES | Langue et littérature arabe, Langues étrangères, Psychologie, Sociologie, Traduction et interprétariat | ANNABA |
| FACULTÉ DES SCIENCES DE LA TERRE ET DES SCIENCES AGRONOMIQUES | Agronomie, Aménagement du territoire, Géologie, Hydraulique, Mines, Vétérinaire | EL TARF |